Les Kaizoku Murakami ont été mentionnés pour la première fois dans les archives historiques de la période Nanboku-cho. À cette époque, ils se sont développés d'un petit groupe protégeant les navires de passage en une grande puissance qui contrôlait l'ensemble de l'archipel Geiyo. Cet essor a été rendu possible grâce au grand esprit de camaraderie de trois maisons qui, ensemble, se faisaient appeler la famille Murakami. Chaque famille construisit des forts en bord de mer sur différentes îles de la chaîne, avec la famille Murakami de l'île d'Innoshima contrôlant les routes du côté de l'île de Honshu, la famille de l'île Noshima contrôlant les routes maritimes les plus courtes à travers le centre, et la famille de Kurushima contrôlant les voies maritimes du côté de l'île de Shikoku de la chaîne d'îles. Ce développement stratégique de forts au niveau des points d'étranglement des voies de navigation leur a permis non seulement d'être parés à des combats maritimes, mais surtout de contrôler le commerce Est-Ouest en faisant de la Mer intérieure de Seto une entrée maritime.