歷史上，村上海賊崛起於日本南北朝時代，起初是護衛船隻的小勢力，最終成長為稱霸芸予諸島全部海域的一大勢力。 成長原因在於「村上」姓氏的三個家族有強烈的同宗意識，三家各自在不同海域築城，因島村上家族控制靠本州的航道，能島村上家族控制貫穿中央的最短航道，來島村上家族則控制靠四國的航道。各城池分別位於航道要衝，不僅能用來備戰，更作為海上關卡掌控瀨戶內海東西往來。
整座島嶼都是城池。村上海賊離去後改建成近代城池。
為控制來島海峽而在中央和東側分別修築的海城。1585年村上海賊交出城池。 *由於不對外開放，請從遠處欣賞。
位於來島海峽要衝的海城。礁石上遺留著大量船隻進出的痕跡。
小湊城為村上海賊的城池，建於面朝來島海峽的丘陵上。關原合戰後，藤堂高虎將小湊城視為中途的要塞相當重視。城慶寺坐落的地點應位於舊城池內，相傳與來島的村上家族有所淵源。
能島村上家族在國分山上修築的城池，是在今治城建成之前的陸上據點。
村上海賊家臣守衛的海城。整座小島都作為城池充分利用。 *由於不對外開放，請從遠處欣賞。
坐落在面朝因島港的山丘上。曾是因島村上家族的大本營。
當年為聯絡周圍海城的山城。位於因島上的青影山頂，可俯視全島。
因島村上家族最初修築的據點。礁石上可以看到柱子穴。當年為監控航道的重要海城。
嚴島之戰中取得向島後修築的海城，現在還可以看到城池及海灣藏船處的遺蹟。 *由於不對外開放，請從遠處欣賞。
與村上三家族同時活躍於芸予諸島的一大海上勢力─生口家族所修築的海城。
城主是因島村上家族的首席家臣，將尾道的海運力量充分應用於海賊貿易。
位於百島茶臼山頂的海城，當年為靠山南（山陽）航道的要衝。
在向島上修築的海城。曾為某大海盜的居處，其後遭村上海賊奪取。 *由於不對外開放，請從遠處欣賞。
日本村上文物海盜